Из перечисленных проблем, к методологическим проблемам, возникающим при реализации метода моделирования относятся:
расчленение процесса моделирования при наличии сложных взаимосвязей между подсистемами; неточность данных, по которым строится модель на начальных циклах проектирования
использование разработчиками подсистем и систем различных моделей
исследование характеристик системы на основе анализа характеристик подсистем